Biologia Molecolare e Tecnologie Omiche
Il reparto si occupa del sequenziamento e analisi genomica dei microrganismi, effettua studi di metagenomica 16S rRNA e shotgun da campioni biologici e studi di trascrittomica. Effettua sviluppo e validazione di protocolli per il sequenziamento genomico di batteri e virus e l’analisi del genotipo della proteina prionica PrP negli ovini. Collabora con il reparto di Bioinformatica per alimentare la piattaforma informatica del CRN per le Sequenze Genomiche di microrganismi patogeni: banca dati e analisi di bioinformatica e sviluppare nuovi tool per la sorveglianza dei microrganismi patogeni.
Il Reparto si occupa del sequenziamento e analisi genomica dei microrganismi, effettua studi di metagenomica, sia con metodo 16S rRNA sequencing che con metodo shotgun sequencing da campioni biologici e studi di trascrittomica.
Sono in dotazione al reparto diverse piattaforme di sequenziamento di seconda generazione (Next Generation Sequencing), come il NextSeq 1000 e il NextSeq 2000, MiniSeq e MiSeq (Illumina) e di terza generazione della Oxford Nanopore come il GridION e il sequenziatore portatile MinION che consente di analizzare i campioni direttamente in campo.
Collabora attivamente con il Reparto di Bioinformatica, e con gli altri centri di eccellenza dell’IZSAM, per alimentare la piattaforma informatica del Centro di Referenza Nazionale per le Sequenze Genomiche di microrganismi patogeni: banca dati e analisi di bioinformatica e sviluppare nuovi tool per la sorveglianza dei microrganismi patogeni.
Il reparto è inoltre impegnato in diverse attività tra cui lo sviluppo, standardizzazione e validazione di protocolli per il sequenziamento genomico di batteri e virus, la caratterizzazione molecolare di patogeni batterici, virali e protozoi parassiti e l’analisi del genotipo della proteina prionica PrP negli ovini. Il reparto garantisce attività di supporto e affiancamento ai reparti che utilizzano protocolli per il sequenziamento genomico attraverso la formazione e l’addestramento del personale.
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Cesare Cammà
Responsabile
Laureato in Biologia presso l'Università di Messina nel 1988, ha conseguito una specializzazione in Parassitologia medica (UNIME) e un corso post-laurea in Biologia Molecolare in Sanità Pubblica presso l'Università Cattolica di Roma. È autore di oltre 135 pubblicazioni scientifiche peer-reviewed.
Laureato in Biologia presso l'Università di Messina nel 1988, ha conseguito una specializzazione in Parassitologia medica (UNIME) e un corso post-laurea in Biologia Molecolare in Sanità Pubblica presso l'Università Cattolica di Roma. È autore di oltre 135 pubblicazioni scientifiche peer-reviewed (Scopus Author ID: 7004931667).
Dirigente Biologo dal 2002 presso l’IZS della Sicilia e dal 2003 presso l'IZSAM di Teramo, dal 2014 ha coordinato e gestito le risorse umane e strumentali del Reparto Ricerca e Sviluppo Biotecnologie. Da febbraio 2018 è responsabile della Struttura Semplice Biologia Molecolare e Tecnologie Omiche, le cui principali attività consistono nel sequenziamento completo dei genomi di batteri e virus e in studi di metagenomica e trascrittomica mediante l’uso di tecnologie di Next Generation Sequencing. Da novembre 2017 è responsabile del Centro di Referenza Nazionale per Sequenze Genomiche di Microrganismi Patogeni: Banca Dati e Analisi di Bioinformatica (GENPAT).
Attualmente è responsabile di alcuni progetti finanziati dal Ministero della Salute e Task leader per un progetto finanziato dalla Commissione Europea. È membro del subgroup Molecular Typing based on Whole Genome Sequencing (WGS) – Scientific network for Zoonoses Monitoring Data dell'Autorità Europea per la Sicurezza Alimentare (EFSA) e fa parte dello Steering Committee del Global Microbial Identifier (GMI).
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