Software di bioinformatica per l'epidemiologia

Il team ARIES (Advanced Research Infrastructure for Experimentation in GenomicS) dell’Istituto Superiore di Sanità ha annunciato che la loro piattaforma per la raccolta, analisi automatica dei dati e scambio di informazioni derivanti dalla caratterizzazione genomica degli agenti infettivi IRIDA-ARIES ha installato il software ReporTree in combinazione con SPREAD per l’analisi dei cluster.

Sia ReporTree che SPREAD sono già in uso sulla piattaforma del Centro di Referenza Nazionale per Sequenze Genomiche di microrganismi patogeni: banca dati e analisi di bioinformatica (CRN GenPat) dell’IZS dell’Abruzzo e del Molise e sono stati sviluppati con il contributo del team del reparto di Bioinformatica dello stesso Istituto.

In particolare, ReporTree è un software di bioinformatica open source che supporta la rilevazione di cluster genetici e il loro collegamento ai dati epidemiologici. Il software è stato sviluppato dall’Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA) del Portogallo, in collaborazione con il reparto di Bioinformatica che, a sua volta, ha sviluppato il software open source SPREAD che consente la visualizzazione dei risultati sui cluster ottenuti da ReporTree.

L’annuncio del team ARIES dell’ISS rappresenta un modello virtuoso di condivisione e collaborazione tra Istituti pubblici che rende merito al team del reparto di Bioinformatica dell’IZS di Teramo, il quale indirizza il proprio lavoro nello sviluppo di software open source e nel renderlo disponibile a tutta la comunità scientifica.