ReporTree e SPREAD: STRUMENTI INNOVATIVI PER LA SORVEGLIANZA GENOMICA DEI MICRORGANISMI PATOGENI

Collaborazione internazionale e filosofia open source per migliorare la lotta alle malattie infettive

ReporTree rappresenta un'avanzata risorsa bioinformatica progettata per migliorare la sorveglianza genomica dei patogeni ed è stato sviluppato da una collaborazione tra l’Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), in Portogallo, e il reparto di Bioinformatica dell'Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell'Abruzzo e del Molise (IZS-TE).

Descritto in un articolo su Genome Medicine, ReporTree utilizza algoritmi avanzati in grado di processare e interpretare i complessi ed eterogenei dati genomici, identificando rapidamente la nascita e l’evoluzione dei focolai batterici e virali. Uno strumento che, applicato in indagini a livello internazionale, ha già dimostrato la sua efficacia nel collegare dati epidemiologici e genetici, dimostrando una grande versatilità e facilità di uso. “Il fatto che sia applicabile a una vasta gamma di patogeni, sia batteri che virus – spiega Vítor Borges, coordinatore della Piattaforma di Bioinformatica presso l'Instituto de Saúde Pública Doutor Ricardo Jorge di Lisbona - rende ReporTree una risorsa estremamente flessibile, che può essere facilmente integrata nei processi di monitoraggio delle malattie e che può diventare uno strumento essenziale nelle moderne strategie di sorveglianza sanitaria. Attualmente è utilizzato in Portogallo e in Italia, presso la piattaforma del Centro di Referenza GENPAT, e sta suscitando sempre più interesse a livello internazionale”.

Per sfruttare tutte le potenzialità di ReporTree, il reparto di Bioinformatica dell’IZS-TE ha inoltre sviluppato e integrato nella piattaforma GENPAT il software SPREAD: una dashboard open source che combina graficamente dati genomici ed epidemiologici. Tale risultato è stato presentato alla conferenza internazionale GEOVET-2023 e pubblicato sulla rivista Veterinaria Italiana.

"La collaborazione tra istituti pubblici e la condivisione di strumenti open source come ReporTree e SPREAD – commenta Adriano Di Pasquale, del Centro di Referenza Nazionale per Sequenze Genomiche di microrganismi patogeni dell’IZS-TE - dimostrano una visione avanzata nel campo della sorveglianza sanitaria. Questi strumenti non solo migliorano l'efficienza delle analisi genomiche, ma promuovono anche l'interoperabilità e la trasparenza scientifica".

A questo proposito, è rilevante l’annuncio del team di ARIES Genomics (Istituto Superiore di Sanità) relativo all’integrazione di ReportTree e SPREAD nella loro piattaforma genomica IRIDA-ARIES [https://irida.iss.it].

La capacità di integrare dati genetici ed epidemiologici in modo flessibile e automatizzato è oggi indispensabile per gli enti di sanità pubblica di tutto il mondo. L’approccio collaborativo e la filosofia open source sono quindi strumenti cruciali per gli avanzamenti nella lotta contro le malattie infettive a livello globale.