Centro di Referenza Nazionale per Sequenze Genomiche di microrganismi patogeni: banca dati e analisi di bioinformatica
Il Ministero della Salute, con Decreto del 30 maggio 2017, ha attivato il Centro di Referenza Nazionale per Sequenze Genomiche di microrganismi patogeni: banca dati e analisi di bioinformatica - CRN GENPAT - presso la sede centrale dell’IZS dell'Abruzzo e del Molise.
Il CRN GENPAT svolge le seguenti funzioni:
- realizza una piattaforma nazionale per la raccolta e conservazione delle sequenze genomiche di microrganismi patogeni e per l’esecuzione di analisi bioinformatiche, l’archiviazione e la condivisione dei risultati;
- realizza un sistema strutturato e permanente di referenti all’interno dei singoli Istituti zooprofilattici sperimentali ai fini del coordinamento delle attività che saranno poste in essere sul territorio nazionale;
- fornisce assistenza tecnico-scientifica al Ministero della salute ed alle autorità competenti;
- cura l’organizzazione di corsi di formazione nell’ambito delle proprie competenze per il personale del Servizio sanitario nazionale e di altri operatori di Enti competenti;
promuove le attività di ricerca nel settore di competenza; - mette in atto ogni altra utile attività attinente alle proprie competenze ivi comprese la collaborazione e il coordinamento con altre amministrazioni ed Enti del settore.
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Cesare Cammà
Responsabile
Laureato in Biologia presso l'Università di Messina nel 1988, ha conseguito una specializzazione in Parassitologia medica (UNIME) e un corso post-laurea in Biologia Molecolare in Sanità Pubblica presso l'Università Cattolica di Roma. È autore di oltre 135 pubblicazioni scientifiche peer-reviewed.
Laureato in Biologia presso l'Università di Messina nel 1988, ha conseguito una specializzazione in Parassitologia medica (UNIME) e un corso post-laurea in Biologia Molecolare in Sanità Pubblica presso l'Università Cattolica di Roma. È autore di oltre 135 pubblicazioni scientifiche peer-reviewed (Scopus Author ID: 7004931667).
Dirigente Biologo dal 2002 presso l’IZS della Sicilia e dal 2003 presso l'IZSAM di Teramo, dal 2014 ha coordinato e gestito le risorse umane e strumentali del Reparto Ricerca e Sviluppo Biotecnologie. Da febbraio 2018 è responsabile della Struttura Semplice Biologia Molecolare e Tecnologie Omiche, le cui principali attività consistono nel sequenziamento completo dei genomi di batteri e virus e in studi di metagenomica e trascrittomica mediante l’uso di tecnologie di Next Generation Sequencing. Da novembre 2017 è responsabile del Centro di Referenza Nazionale per Sequenze Genomiche di Microrganismi Patogeni: Banca Dati e Analisi di Bioinformatica (GENPAT).
Attualmente è responsabile di alcuni progetti finanziati dal Ministero della Salute e Task leader per un progetto finanziato dalla Commissione Europea. È membro del subgroup Molecular Typing based on Whole Genome Sequencing (WGS) – Scientific network for Zoonoses Monitoring Data dell'Autorità Europea per la Sicurezza Alimentare (EFSA) e fa parte dello Steering Committee del Global Microbial Identifier (GMI).
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Bioinformatica
Vai al repartoIl reparto realizza strumenti di bioinformatica per la caratterizzazione dei patogeni e analisi avanzate di machine learning per la predizione del fenotipo di un patogeno a partire dai dati genomici. Consente il loro utilizzo tramite la piattaforma bioinformatica nazionale del CNR GENPAT, strumento fondamentale per la sorveglianza genomica di microrganismi patogeni in ottica One-Health.
Sviluppa principalmente componenti software open-source rendendoli disponibili alla comunità scientifica.Biologia Molecolare e Tecnologie Omiche
Vai al repartoIl reparto si occupa del sequenziamento e analisi genomica dei microrganismi, effettua studi di metagenomica 16S rRNA e shotgun da campioni biologici e studi di trascrittomica. Effettua sviluppo e validazione di protocolli per il sequenziamento genomico di batteri e virus e l’analisi del genotipo della proteina prionica PrP negli ovini. Collabora con il reparto di Bioinformatica per alimentare la piattaforma informatica del CRN per le Sequenze Genomiche di microrganismi patogeni: banca dati e analisi di bioinformatica e sviluppare nuovi tool per la sorveglianza dei microrganismi patogeni.
Bioinformatica
Vai al repartoIl reparto di Bioinformatica assicura la produzione, il mantenimento e l'esecuzione delle analisi di bioinformatica a partire dai dati di sequenziamento massivo (NGS: Next Generation Sequencing), garantendo l’associazione di tali analisi con i relativi meta-dati.