Riassunto
Quarantatre ceppi di virus della peste suina classica (PSC), provenienti da focolai in suini dell'Europa, Asia e America, due ceppi di vaccini vivi modificati commerciali di PSC e un ceppo isolato da un agnello malato provenienti dalla Spagna sono stati sottoposti ad analisi delle variazioni delle sequenze nucleotidiche a livello della regione terminale 5’ del genoma. Questi isolati sono stati suddivisi in tre gruppi, PSC-1, PSC-2 e PSC-3, sulla base delle sostituzioni palindromiche nucleotidiche nella regione non tradotta 5' (UTR). Il grado di omologia, secondo la variazione delle paia di basi nucleotidiche nella struttura palindromica secondaria dei tre loci variabili V1, V2 e V3, era 60% nella specie PSC, con un valore medio di divergenza di 6,19 paia di basi. La relazione nei genotipi variava da 71,11% a 100%, con un valore medio di divergenza da 5,5 a 0.73 paia di basi. I sotto-genotipi hanno mostrato una divergenza variante da 1 a 9 paia di basi nel genotipo. Il genotipo PSC-1 ha rivelato 15 combinazioni di paia di basi con 13 paia di basi divergenti, risultando in 4 sotto-genotipi con 6 varianti nel sotto-genotipo PSC-1.1, includendo il ceppo di referenza Brescia, e 6 varianti nel sotto-genotipo PSC-1.2, includendo il ceppo di referenza Alfort. I sotto-genotipi PSC-1.3 e PSC-1.4 comprendevano rispettivamente una e due varianti. Il genotipo PSC-2 era rappresentato dall'isolato ovino Spagnolo 5440/99, e il genotipo PSC-3 includeva i ceppi Giapponesi Okinawa/86 e Kanagawa/74. I genotipi di PSC hanno mostrato una relazione significativa con i ceppi del virus della Border disease, con valori relativamente bassi di divergenza se comparati alle altre specie di pestivirus. La valuazione della divergenza delle paia di basi nucleotidiche tra genotipi, espressione dei cambi evolutivi nella specie PSC, ha permesso la costruzione di un albero filogenetico basato sulla struttura secondaria.