Il Reparto realizza progetti di ricerca e sperimentazioni a livello regionale, nazionale ed europeo per migliorare la gestione e la tutela delle comunità acquatiche, sia marine che d’acqua dolce nel bacino del Mediterraneo, incluso lo sviluppo di strumenti e di metodologie innovative per la valutazione dello stato di salute degli animali e dell’ambiente acquatico.

Interviene in caso di morie e spiaggiamenti di fauna acquatica eseguendo indagini per la determinazione delle cause di morte. In questo ambito, il Reparto costituisce il riferimento dell’ente per la “Rete regionale abruzzese per la gestione degli spiaggiamenti di mammiferi e rettili marini” (DG21/167 del 31/12/2014), per il “Centro di Referenza Nazionale per le Indagini Diagnostiche sui Mammiferi Marini Spiaggiati (C.Re.Di.Ma.)” e per il “Centro di Referenza Nazionale per lo Studio e la Diagnosi delle Malattie dei Pesci, Molluschi e Crostacei”. In quest'ultimo caso, l'Unità partecipa anche ai circuiti interlaboratorio.

Il Reparto progetta ed esegue campionamenti di matrici ambientali, in stretta collaborazione con gli stakeholder territoriali, con l’obiettivo di affrontare eventi emergenziali e monitorare la presenza di patogeni, specie invasive, tossine e xenobiotici — inclusi quelli emergenti — nell’ambiente e nel biota acquatico. Inoltre, attua protocolli di campionamento per l’estrazione di DNA ambientale (eDNA) per l’identificazione delle specie acquatiche con metodi innovativi.

Si occupa di rilevare le microplastiche nell’acqua, nei sedimenti e negli animali acquatici, compresi quelli destinati al consumo umano e di interesse conservazionistico, al fine di valutarne il potenziale rischio sanitario e ambientale.

Nell’ambito dell’ecotossicologia, il Reparto studia e applica bioindicatori innovativi per l’ambiente acquatico, ed esegue programmi di monitoraggio in continuo (h24) delle acque, sia marine che dolci - comprese quelle potabili - mediante sistemi di allarme precoci biologici che utilizzano organismi sentinella per la valutazione della loro qualità.

È il Laboratorio di riferimento per la Regione Abruzzo nel campo della pesca professionale e sportiva e dell’acquacoltura come previsto anche dalla Legge Regionale n. 28 del 27 aprile 2017 per le attività di gestione della fauna ittica e disciplina della pesca nelle acque interne. In questo contesto, si occupa della stesura e l'aggiornamento della Carta Ittica Regionale, supporta l’attività di ripopolamento e gestione della fauna ittica anche attraverso immissioni e prelievi nei fiumi della regione. Inoltre, il Reparto supporta tecnicamente la gestione del “Centro Ittiogenico Sperimentale e di Idrobiologia (CISI)” della Regione Abruzzo e collabora per prevenire e gestire l’introduzione e la diffusione delle specie esotiche invasive nel territorio regionale ai sensi del Decreto Legislativo n. 230 del 15 dicembre 2017.

In collaborazione con la Regione Abruzzo, si occupa della pianificazione spaziale marittima, della gestione delle zone adatte all'acquacoltura negli ecosistemi acquatici marini e dulciacquicoli, della costruzione di GIS tematici sulle acque e dell'elaborazione delle informazioni satellitari. Inoltre, esegue studi per sostenere la piccola pesca di molluschi cefalopodi e gasteropodi, coinvolgendo attivamente gli operatori del settore.

È ente scientifico di riferimento del Consorzio di Gestione Vongole (Co.Ge.Vo.) Abruzzo per la gestione dei banchi naturali di Chamelea gallina.

Inoltre, il Reparto fornisce supporto scientifico nell’ambito della Conferenza Regionale della Pesca e dell’Acquacoltura (L.R. 5/8/2004, n. 22) e del Comitato Consultivo della Pesca Sportiva della Regione Abruzzo. Offre anche supporto tecnico agli organi di polizia giudiziaria in caso di sospetto di reati contro l’ambiente e le specie acquatiche, e collabora strettamente con gli enti territoriali di riferimento, come Regioni, Province, Comuni, Capitanerie di Porto, e con gli operatori del settore, inclusi le associazioni di pesca professionale e sportiva, i consorzi di bonifica e le aziende acquedottistiche.

Un forte impegno verso la divulgazione scientifica è testimoniato dall’organizzazione di attività educative nelle scuole e da convenzioni con Università e altri istituti di ricerca per tirocini, dottorati e tesi specialistiche nei diversi settori di attività.