L’attenzione dedicata dall’Istituto alla difesa dell’ambiente deriva anche dal fatto che l’Appennino abruzzese-molisano vanta la presenza di tre Parchi nazionali, di un Parco regionale e di circa 40 tra oasi e riserve regionali e statali. In totale quasi un terzo del territorio di riferimento è sottoposto a tutela ambientale, al punto che si può parlare di un vero e proprio sistema protezionistico di interesse europeo.

I ricercatori dell’Istituto tutelano l’ambiente attraverso un sistema di rilevazione della radioattività su alimenti di origine animale e vegetale prelevati nelle aree del territorio di competenza: attività portata avanti dal 1986 in seguito all’incidente nucleare di Chernobyl. L’impegno nel monitorare la presenza e i livelli di contaminanti ambientali assume particolare importanza nei casi di emergenza dovuti a inquinamento o a incidenti estremamente pericolosi per la sicurezza alimentare e l’ecosistema.

L’IZS dell'Abruzzo e del  Molise contribuisce allo sviluppo sostenibile del Paese anche salvaguardando la biodiversità con progetti a tutela del patrimonio faunistico e monitorando la qualità delle acque: le indagini di biologia marina che vengono periodicamente effettuate permettono di tenere sotto controllo lo stato di salute del Medio Adriatico e le risorse ittiche, favorendo al contempo una regolamentazione più equilibrata della pesca.