Il reparto, parte integrante del Centro di Referenza Nazionale per lo Studio e l'Accertamento delle Malattie Esotiche (CESME), si dedica principalmente alla diagnosi di alcune malattie infettive virali, sporadiche o a rischio di introduzione in Italia, in conformità con il mandato conferito dal Ministero della Salute mediante decreto del 2 maggio 1991. Le sue attività comprendono anche la sorveglianza e il controllo dei virus responsabili di tali malattie, i quali rappresentano un potenziale rischio per la sanità animale e la salute pubblica.

In particolare, ci occupiamo dello sviluppo di metodologie per la diagnosi delle principali malattie infettive virali negli animali domestici, nonché della ricerca, sperimentazione e produzione di materiali e reagenti necessari per realizzare test diagnostici affidabili, semplici e rapidi. Inoltre, organizza circuiti interlaboratorio per la rete degli Istituti Zooprofilattici Sperimentali (IIZZSS) e acquisisce conoscenze specifiche sulle malattie, approfondendo aspetti fondamentali come l'agente causale, la diagnosi e le misure di controllo applicabili a livello nazionale ed internazionale.

Il reparto lavora anche alla creazione di una banca dati sulla situazione epidemiologica delle malattie esotiche di maggiore rilevanza sanitaria a livello internazionale. Collabora alla redazione dei manuali operativi a corredo del Piano nazionale di emergenza (PNE). Si occupa dell’acquisizione dei reagenti diagnostici e delle procedure necessarie per la diagnosi di laboratorio delle malattie esotiche a rischio d’introduzione ed endemizzazione sul territorio nazionale.

Un altro aspetto importante è l’individuazione e il mantenimento di contatti con laboratori e centri di studio internazionali che si occupano delle principali malattie esotiche. In collaborazione con il Ministero della Salute, il reparto sviluppa programmi di formazione per i Servizi Veterinari sulle malattie esotiche con il maggior impatto per la salute pubblica e la sanità animale.

Collabora con il Dipartimento della salute umana, della salute animale e dell’ecosistema (one health), e dei rapporti internazionali del Ministero della Salute e il  Centro di Referenza Nazionale per l'Epidemiologia Veterinaria, la Programmazione, l'Informazione e l'Analisi del Rischio (COVEPI) nella redazione e aggiornamento del Piano nazionale annuale di sorveglianza e risposta alle arbovirosi e in particolare ai virus West Nile e Usutu. Inoltre, monitora gli esiti delle attività di sorveglianza in collaborazione con il COVEPI, per definire lo stato sanitario dei territori e delle popolazioni animali coinvolte, adeguando le azioni da intraprendere di conseguenza. 

Infine, insieme al COVEPI e al Dipartimento Malattie Infettive dell'Istituto Superiore di Sanità, cura la pubblicazione di un bollettino epidemiologico settimanale sull'andamento dell'infezione da virus West Nile e Usutu in Italia, che include dati provenienti dalla sorveglianza veterinaria e umana. Il reparto è inoltre impegnato come supporto analitico e tecnico-scientifico nella gestione delle attività connesse alle arbovirosi, in qualità di laboratorio regionale di riferimento per la sorveglianza umana, entomologica e veterinaria.