e-ISSN 1828-1427
Rivista trimestrale di Sanità Pubblica Veterinaria edita dall'Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell'Abruzzo e del Molise ‘G. Caporale’
A quarterly journal devoted to veterinary public health, veterinary science and medicine published by the Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell’Abruzzo e del Molise ‘G. Caporale’ in Teramo, Italy
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ISSUES ONLINE
| 2019 - Volume 55 (1), January-March | |||
| Short communication Francesco Cerutti, Claudio Caruso, Paola Modesto, Riccardo Orusa, Loretta Masoero, Pier Luigi Acutis, Simone Peletto |
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| The genome of Border disease virus genotype 8 from chamois using next generation sequencing |
103-105 | ||
| doi: 10.12834/VetIt.1768.9338.1 First published on line: 21.02.2019 |
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| Summary Border disease virus (BDV) is widespread both in domestic small ruminants and wildlife. Here we report the genome of BDV genotype 8 from chamois, strain Italy-58987, obtained by next generation sequencing and the comparison with other pestiviruses. The sequence of 12,245 bp long was aligned to 22 pestivirus genomes and it showed a nt/aa similarity of 81.3/89.4% with BDV genotypes, and 65.9/67.8% with the other pestiviruses. The genome showed a mean nt/aa similarity of 91.2/95.0% with three Swiss genomes closely related to the BDV-8 5’-UTR and Npro sequences. The identification of divergent BDV-8 isolates in North-Western Italy and in Switzerland suggests that this genotype may have been circulating in a wider area than previously supposed, and may have a high host adaptability. Keywords |
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| Sequenza genomica del genotipo 8 del virus della Border disease da un camoscio ottenuta mediante tecniche di sequenziamento di nuova generazione |
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| Riassunto Il virus della Border disease (BDV) è diffuso a livello mondiale nei piccoli ruminanti, domestici e selvatici. In questo lavoro si riportano la sequenza del genoma di BDV genotipo 8 da un camoscio (ceppo Italy-58987), ottenuta mediante tecniche di sequenziamento di nuova generazione (NGS), e il confronto della stessa con le sequenze genomiche di altri pestivirus. La sequenza di 12.245 bp è stata allineata a 22 sequenze genomiche di pestivirus e ha mostrato una identità di sequenza nt/aa del 81,3/89,4% con altri genotipi di BDV, e del 65,9/67,8% con gli altri pestivirus. La sequenza genomica del BDV-8 rilevato nel camoscio ha mostrato una identità media nt/aa del 91,2/95,0% con le sequenze genomiche di 3 ceppi di BDV isolati in Svizzera, strettamente correlati con le sequenze delle porzioni di 5’-UTR e Npro di BDV-8. L’identificazione di isolati divergenti di BDV-8 nel nordovest dell’Italia e in Svizzera suggerisce che questo genotipo possa aver circolato in un’area più ampia di quella inizialmente ipotizzata, e che possa avere una elevata adattabilità a ospiti diversi. Parole chiave |
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