e-ISSN 1828-1427
Rivista trimestrale di Sanità Pubblica Veterinaria edita dall'Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell'Abruzzo e del Molise ‘G. Caporale’
A quarterly journal devoted to veterinary public health, veterinary science and medicine published by the Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell’Abruzzo e del Molise ‘G. Caporale’ in Teramo, Italy
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ISSUES ONLINE
| 2017 - Volume 53 (4), October-December | |||
| Hamid Staji, Pietro Badagliacca, Taghi Zahraei Salehi, Federica Lopes, Mariangela Iorio, Alfreda Tonelli & Luke Masson | |||
| Pathotyping of diarrhoeagenic cattle Escherichia coli strains isolated in the Province of Teheran, Iran | 345-356 | ||
| doi: 10.12834/VetIt.728.3521.1 |
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Summary An oligonucleotide DNA microarray targeting 348 virulence factors and genetic markers was used in the pathotyping, serotyping and phylogrouping of 51 Escherichia coli strains isolated from faecal samples. The samples were collected from diarrhoeic 1 to 30 days old calves located at 14 farms in the Teheran province, Iran. Positive microarray signals for genes encoding the Locus of Enterocyte Effacement (LEE), the Type III Secretion System (TTSS), and the absence of EPEC adherence factor (EAF) permitted the pathotyping of 25 strains as atypical Enteropathogenic (aEPEC) or Enterohaemorrhagic Escherichia coli (EHEC). The lack of LEE and TTSS‑associated genes distinguished the remaining 26 strains, which were classified as Extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC). Atypical EPEC belonged to phylogroup B1 and possessed a LEE profile tir‑1, eae(beta), espA‑1, espB‑3. The EHEC strains primarily belonged to the B1 phylogroup type‑O26 and possessed either a LEE profile tir‑1, eae(beta), espA‑1, espB‑3, or a B1 type‑O111, LEE tir‑3, eae(gamma), espA‑1, espB‑2. ExPEC‑typed strains generally harboured genes localised to the constant region of Colicin V plasmid (pColV), including increased serum survival factor (iss), complement resistance protein (traT), aerobactin operon (iucD), and the siderophore receptor (iroN). The microarray platform used in this study is well suited to accurately and rapidly type attaching and effacing E. coli (AEEC‑types), thus providing a database for the meta‑analysis of ExPEC‑typed strains. Keywords |
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| Patotipi di Escherichia coli isolati da vitelli diarroici della Provincia di Teheran, Iran | |||
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Riassunto Nel presente lavoro è stato utilizzato un DNA microarray disegnato con sonde oligonucleotiche nei confronti di 348 fattori di virulenza e marker genetici per determinare l'appartenenza al patotipo, al sierotipo e al filogruppo di 51 ceppi di Escherichia coli isolati da campioni di feci. I campioni sono stati raccolti da vitelli con diarrea, di età compresa tra 1 e 30 giorni, provenienti da 14 allevamenti situati nella provincia di Teheran, Iran. La positività dell'ibridizzazione nei confronti di geni codificanti il Locus di Enterocyte Effacement (LEE) e il Type III Secretion System (TTSS), e l'assenza di segnale nei confronti del fattore di aderenza di E. coli (EAF), ha permesso di determinare l'appartenenza di 25 ceppi al patotipo aEPEC (atypical Enteropathogenic E. coli) o EHEC (Enterohaemorrhagic E. coli). L'assenza di segnale nei confronti di geni del LEE e di geni TTSS‑associati hanno caratterizzato i restanti 26 ceppi, classificati come ExPEC (Extraintestinal Pathogenic E. coli). I ceppi aEPEC possedevano i marker genetici del filogruppo B1 e il loro profilo LEE è risultato caratterizzato dalle seguenti varianti genetiche: tir‑1, eae(beta), espA‑1, espB‑3. I ceppi EHEC sono risultati prevalentemente classificati nel filogruppo B1 e il loro profilo LEE è risultato caratterizzato dalle varianti tir‑1, eae(beta), espA‑1, espB‑3, in sierotipi O26, o dalle varianti tir‑3, eae(gamma), espA‑1, espB‑2, in sierotipi O111. I ceppi classificati come ExPEC in generale ospitavano geni localizzati nella regione costante del plasmide Colicin V (pColV), comprendenti i geni iss (increased serum survival factor), traT (complement resistance protein), iucD (aerobactin operon) e iroN (siderophore receptor). La tecnologia microarray utilizzata in questo studio si è dimostrata adatta nel tipizzare con precisione e facilità ceppi di E. coli appartenenti ai patotipi AEEC (Attaching and Effacing E. coli). Inoltre essa ha fornito un database genetico utile alla meta‑analisi di ceppi ExPEC. Parole chiave |
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