Negli ultimi vent'anni l'Istituto G. Caporale ha dedicato costantemente risorse alla ricerca, al miglioramento e all'innovazione anche tecnologica dei metodi di gestione. Per esempio ha sviluppato Sistemi Informativi capaci di generare informazioni necessarie per il proprio governo e per la valutazione dell'efficacia e dell'efficienza delle attività.

Il governo del funzionamento dell'Ente è controllato da un sistema informatico di generazione e raccolta delle informazioni che alimenta la base dati integrata dell'Istituto, estraendo, con l'opportuna periodicità, tutti gli elementi indispensabili per il controllo economico e operativo. A questo sistema di reportistica afferiscono i dati relativi all'attività diagnostica, alla produzione di terreni colturali, al Controllo di Gestione, al personale, alla Pianificazione e Controllo delle Attività.

Il sistema di Pianificazione e Controllo delle Attività (PCA) è stato sviluppato tra il 2001 e il 2002 per controllare e accrescere la produttività e l'efficacia delle risorse umane: si tratta della dichiarazione giornaliera di ciascun dipendente, attraverso la rete Intranet aziendale, del tempo impiegato nelle diverse attività, sia macro che micro. Data la rilevanza dei costi del personale nella gestione economica dell'Istituto, questo strumento ha assunto un peso enorme nel controllo delle prestazioni anche perché diventa particolarmente utile nell'integrazione con i dati raccolti da altri sistemi gestionali come il Sistema Informativo Laboratori (SILAB), il Sistema Informativo Amministrazione (SIAM), il Sistema Informativo Formazione (SIF), il Controllo di Gestione (CdG) e con le informazioni acquisite dalle analisi "Servizio ai clienti", "Gestione progetti" e "Conformità a norme".

Gli aspetti più innovativi sono tuttavia quelli realizzati al fine di semplificare gli adempimenti amministrativi interni ed esterni, eliminando i numerosi modelli cartacei con cui si raccoglievano le richieste e le autorizzazioni. Oggi, direttamente tramite un browser, è possibile prenotare la macchina aziendale, richiedere/autorizzare la missione (comprensiva della parte economica), vedere la situazione oraria, visualizzare cedolino e CUD, autorizzare i permessi utilizzando, ove necessario, l'autenticazione tramite smart-card.

In qualità di Centro di Referenza Nazionale per l'Epidemiologia, la Programmazione e l'Informazione Veterinaria, dal 1991, l'Istituto ha inoltre il compito di "elaborare Sistemi Informativi, a livello nazionale ed internazionale, per la gestione dei dati, l'analisi epidemiologica e le attività di sorveglianza".

Nell'arco di questi anni sono realizzati molti Sistemi Informativi, appannaggio della comunità tecnico-scientifica di tutto il mondo, relativi alle aree della medicina veterinaria Sanità Animale, Sicurezza Alimentare e Attività Diagnostica.

Nel gennaio del 2002 all'Istituto è stato affidato il compito dal Ministero della Salute di progettare, realizzare e gestire la Banca Dati Nazionale informatizzata dell'Anagrafe Zootecnica.