L'attività progettuale di ricerca scientifica dell'Istituto è finanziata principalmente dal Ministero della Salute attraverso la Ricerca corrente e la Ricerca finalizzata.

La Ricerca corrente è diretta a sviluppare nel tempo le conoscenze fondamentali in settori specifici della biomedicina e della sanità pubblica, al fine di costituire una base scientifica per la programmazione di interventi mirati al miglioramento dello stato di salute della popolazione.

La Ricerca finalizzata attua invece gli obiettivi prioritari, biomedici e sanitari, individuati periodicamente dal Piano Sanitario Nazionale.

Le linee di ricerca dell'Istituto abbracciano anche la dimensione internazionale attraverso i Programmi quadro della UE, ovvero lo strumento finanziario creato dall'Unione Europea per rafforzare le basi scientifiche e tecnologiche dell'industria, favorire la competitività internazionale e promuovere le azioni di ricerca negli Stati membri.