La cooperazione internazionale è una delle principali attività dell'Istituto che collabora sempre più a stretto contatto con Istituzioni e Organismi internazionali come UE, OIE, OMS e FAO.

Negli ultimi anni sono stati innumerevoli i progetti di cooperazione attraverso i quali l'Ente ha messo le proprie competenze e conoscenze tecnico-scientifiche a disposizione di Paesi europei ed extraeuropei. L'Unione Europea, il Governo degli Stati Uniti d'America, numerosi Paesi dell'America Latina e dell'Africa hanno espresso un elevato grado di fiducia nei confronti dell'Istituto G. Caporale. Basti pensare allo sviluppo di programmi di consulenza gestionale e tecnica in Argentina e Brasile, alla creazione e messa a regime di Laboratori diagnostici in Namibia e alla progettazione di percorsi di formazione all'avanguardia in Cile, anche in modalità eLearning. La qualità e la competenza espresse dall'Istituto sono attestate tanto dall'affidamento di incarichi dei Paesi beneficiari, quanto dai bandi di gara internazionali ottenuti nell'ambito dei programmi comunitari.

Nel 2007, per esempio, specialisti dei diversi settori hanno partecipato ad oltre 250 missioni internazionali e l'aggiudicazione di bandi di gara internazionali promossi dall'UE e da altre Istituzioni pubbliche ha consentito di finanziare attività per oltre 7 milioni di Euro.

Il futuro si giocherà sempre più sul piano dell'innovazione e delle strategie di sviluppo mirate, soprattutto, al consolidamento dell'obiettivo prioritario: la tutela della salute dell'uomo. Essere in possesso di conoscenze ed esperienze che consentono di interagire con il sistema integrato "benessere animale - sanità animale - sicurezza alimentare" diventa la condizione necessaria al raggiungimento dell'obiettivo.

La vocazione internazionale dell'Istituto ha sempre fatto leva su una responsabilità etica che deriva dalla presa di coscienza dei rischi collegati al commercio degli animali e dei loro prodotti in un quadro amplificato e diversificato dalla globalizzazione.

L'impegno profuso dall'Istituto nella cooperazione internazionale ha spinto alcuni deputati appartenenti a diversi schieramenti politici a richiedere al Governo italiano di impegnarsi ad adottare le opportune iniziative normative volte a riconoscere l'Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell'Abruzzo e del Molise "G. Caporale" quale "Ente strumentale di interesse nazionale e strumento operativo d'eccellenza del Ministero della Salute per le attività comunitarie e internazionali di cooperazione ed alta formazione [ ... ] con particolare riferimento al potenziamento delle attività internazionali di ricerca, di cooperazione e di formazione del personale delle Istituzioni pubbliche e private e dell'erogazione dei servizi nelle materie della sicurezza degli alimenti, della profilassi veterinaria internazionale e nelle materie ad esse correlate [ ... ]".

L'Istituto è riconosciuto dall'Unione Europea come uno degli strumenti per l'assistenza tecnica ai Paesi candidati e potenzialmente candidati all'ingresso nella UE e per i progetti di gemellaggio (Twinning).

Uno degli ultimi riconoscimenti internazionali è arrivato nel 2007 quando il Ministero della Salute ha affidato ad un veterinario dirigente dell'Istituto l'incarico di direttore del Laboratorio Centrale Veterinario della Namibia, a Windhoek, finalizzato all'organizzazione del Laboratorio e alla formazione del personale namibiano secondo standard scientificamente elevati.