I Centri di Referenza Nazionale, localizzati presso gli Istituti Zooprofilattici Sperimentali, rappresentano uno strumento operativo di elevata competenza nei settori della sanità animale, dell'igiene degli alimenti e dell'igiene zootecnica.
Si tratta di veri e propri Centri di eccellenza per l'intero sistema sanitario nazionale e per le Organizzazioni internazionali con le quali collaborano.

I Centri di Referenza Nazionali attivi presso l'Istituto G. Caporale sono:

• Centro di Referenza Nazionale per lo studio e l'accertamento delle malattie esotiche degli animali (CESME)
• Centro di Referenza Nazionale per le Brucellosi
• Centro di Referenza Nazionale per l'epidemiologia veterinaria, la programmazione, l'informazione e l'analisi del rischio (COVEPI)
• Centro di Referenza Nazionale per l'anemia infettiva degli equini (CRAIE).