Il reparto Formazione è presente in Istituto sin dal 1990 e da allora rappresenta uno strumento strategico di gestione che, a livello sia interno che esterno, viaggia su due direttrici parallele: la formazione tecnico-specialistica e quella manageriale.

Il processo di potenziamento dell'intera struttura è passato attraverso la capacità di produrre conoscenza per poi trasferirla al mondo intero, al punto che oggi l'Istituto è riconosciuto in ambito internazionale come Ente tecnico-scientifico erogatore di servizi in Sanità Pubblica Veterinaria.

Durante tutti questi anni i servizi di formazione hanno subito modifiche significative, anticipando i cambiamenti in seno alla comunità scientifica a cui essi sono destinati e aggiornando le proprie metodologie didattiche; oggi la formazione viene infatti erogata sia in modalità tradizionale che attraverso l'ausilio delle nuove tecnologie dell'informazione e della comunicazione.

Dal 2004 il reparto Formazione è riconosciuto dal TÜV Italia come conforme ai requisiti della norma UNI EN ISO 9001:2000 per "Analisi, progettazione, erogazione e valutazione di attività informative e formative, specialistiche e manageriali, in ambito sanitario" a disposizione dei servizi veterinari centrali e periferici, delle strutture di laboratorio e di ricerca oltre che di enti, organizzazioni, associazioni e aziende che ne fanno richiesta in Italia, in Europa e nel mondo.

L'Istituto ospita frequentemente ricercatori provenienti da tutto il mondo e raggiunge, allo stesso tempo, i Paesi che vogliono servirsi delle sue competenze per crescere sul piano tecnico-scientifico, manageriale e della qualità dei servizi. Una equipe interna di formatori qualificati e certificati è impegnata ogni giorno a soddisfare i bisogni di apprendimento dei Paesi che fanno parte dell'Unione Europea, di quelli che lavorano per farne parte e di quelli che vogliono avviare rapporti commerciali con l'UE.

L'Istituto è inoltre riconosciuto come Provider di formazione per l'Educazione Continua in Medicina (ECM).